Zebranie założycielskie Polskiego Towarzystwa Neuroendokrynologii odbyło się dnia 26 stycznia 2000 roku. Jego inicjatorami byli Prof. Marek Pawlikowski oraz Prof. Kazimierz Kochman. W zebraniu uczestniczyło 15 zaproszonych naukowców prowadzących badania w dziedzinie neuroendokrynologii: Prof. Alina Gajewska, Prof. Jan Guzek, Prof. Marlena Juszczak, Prof. Michał Karasek, Prof. Jan Komorowski, Prof. Jolanta Kunert-Radek, Prof. Andrzej Lewiński, Prof. Stanisława Lipińska, Prof. Jerzy Nowak, Prof. Stanisław Okrasa, Prof. Franciszek Przekop, Prof. Henryk Stępień, Prof. Władysław Traczyk, Prof. Anna Walczewska, Prof. Stefan Zgliczyński. Wszyscy obecni na zebraniu jednogłośnie poparli inicjatywę dotyczącą utworzenia Polskiego Towarzystwa Neuroendokrynologii. Powołano także tymczasowy Zarząd Towarzystwa, w skład którego weszli: Prof. Marek Pawlikowski – prezes, Prof. Kazimierz Kochman – vice prezes, Prof. Jolanta Kunert-Radek – sekretarz, Prof. Marlena Juszczak – skarbnik. Siedzibę Towarzystwa umiejscowiono w budynku Instytutu Endokrynologii AM w Łodzi przy ul. Sterlinga 3. Polskie Towarzystwo Neuroendokrynologii postanowieniem Sądu Okręgowego w Łodzi zostało wpisane do rejestru stowarzyszeń w dniu 23 października 2000 r. W listopadzie 2001 r. PTNE zostało przyjęte w skład Międzynarodowej Federacji Neuroendokrynologii (International Neuroendocrine Federation – INF), która powstała w miejsce dotychczasowego Międzynarodowego Towarzystwa Neuroendokrynologii (ISN). Celem Towarzystwa jest popieranie, propagowanie i prowadzenie badań naukowych w zakresie neuroendokrynologii oraz upowszechnianie wiedzy z tego zakresu. W tym zakresie Towarzystwo współdziała z Polską Akademią Nauk, Ministerstwem Zdrowia oraz Ministerstwem Edukacji Narodowej. Obecnie Towarzystwo zrzesza 86 członków.